Tổ chức quân đội dựa trên hệ thống thập phân, theo cách tương tự như tổ chức thập phân của quân đội Thành Cát Tư Hãn. Quân đội được chia thành các đơn vị sau:[2]

• Hàng chục là unik. Chỉ huy được gọi là on-bashi.
• Hàng trăm là uslik. Chỉ huy được gọi là yuz-bashi.
• Hàng ngàn (khazar, ming[3]) - minglik. Chỉ huy được gọi là Ming Bashi.
• Hàng chục ngàn (tumens, lashkar[3]). Chỉ huy gọi là Sipaҳdor.[3]

Tên Turkic của các đơn vị đã được thay thế một phần bởi những người Mông Cổ. Tổ chức của quân đội đã trải qua một số thay đổi so với quân đội của những lãnh đạo tiền nhiệm. Vì vậy, có những đơn vị 50-1000 người, được gọi là koshun, cũng như những đơn vị lớn hơn - kuls, số lượng cũng không ổn định. Quân Đồng minh cũng thiết lập các đơn vị phụ trợ gọi là hashar. Toàn bộ quân đội được chia thành nhiều quân đoàn (fauj).

Trong trận chiến trên sông Kondurche, quân đội Thiếp Mộc Nhi có 7 quân đoàn, 2 trong số đó là dự bị, sẵn sàng theo lệnh của tổng tư lệnh, để hỗ trợ trung tâm hoặc sườn của đội hình. Quân đội tiên phong (uzb. Kirovul) gồm vài ngàn binh sĩ. Quân đội sườn bên trái (zuvonkor, javangar) và bên phải (barangar). Tin tình báo được cung cấp bởi lính canh. Ngoài ra còn có một loại "lực lượng đặc biệt" từ Yigit.

Mỗi đơn vị quy mô lớn có vũ khí riêng, yên ngựa, quivers, thắt lưng và các phù hiệu khác, chúng được sơn bằng một màu đặc biệt. Alisher Navoi liệt kê các màu vàng (sariғ), đen (қaro), trắng (қ), xanh lá cây (yashil), đỏ (қisil), màu tím (binafsha) của các biểu ngữ (alam) thuộc các đơn vị. Ba biểu ngữ hình thành một cánh quân. Dưới biểu ngữ, đạo quân của ba thành trì tập hợp.[3]

Chỉ huy cao cấp hàng đầu được gọi là Sardars. Các thủ lĩnh được gọi là tiểu vương, có vị trí có 12 cấp. Mỗi ông chủ có một trợ lý sẵn sàng thay thế ông nếu cần thiết. Các vị trí của các nhà quản lý hàng đầu, các nhân mã, và hàng ngàn người mạnh mẽ đã được bầu, nhưng họ đã được các ông chủ cao hơn chấp thuận. Hàng ngàn người, theo quy định, được bổ nhiệm là con trai của các tiểu vương hoặc đại diện của giới quý tộc. Các chức vụ chỉ huy cao nhất trong quân đội thuộc về người thân và cộng sự thân cận nhất của Tamerlane. Quân đội duy trì kỷ luật sắt, dựa trên các hình phạt (đặc biệt, một trong những hình phạt kỷ luật là tước một phần mười tiền lương) và phần thưởng (khen ngợi, tăng lương, tặng quà, cấp bậc)